许多医疗机构着眼云端系统来重塑IT架构、掌管电子医疗纪录(EHR)与数据分析能力，以向患者提供更好的医疗服务。研究顾问机构ISG合伙人Bob Krohn表示，多数客户已认为建立数码化云端系统是必要的营运支出。

Healthcare Dive报导，云端使医疗机构拥有更多IT与患者数据方案选择，云端平台让医疗机构得以快速获取从不同护理点搜集到的患者信息，并用于进行远程医疗、促进患者参与医疗流程。

有论者认为云端比传统医院内部网络还部安全，对小型组织而言，云端无须设定广泛的网络及网络安全协定，就能看到不同地点的数据，管理好IT架构。

此外，云端的备份与冗余能力也使医疗机构在遭遇自然灾害或网络攻击后，得以更容易回复数据。美国健康信息管理协会(AHIMA) VP Kathy Downing表示，黑客未必能取得在第三方云端严密监控下的数据，因此医疗机构能快速修复医院系统。

云端的扩充能力是电子医疗纪录使用成长的重要因素。Krohn表示，云端可扩大数据储存规模，让医疗机构在储存电子纪录上变得更加简便。他补充云端运算的基础设施即服务(IaaS)是医疗产业运用云端系统的主流，平台即服务(PaaS)尚未打近主流，而软件即服务(SaaS)是电子医疗纪录的新兴趋势，虽尚未深入市场，但非常有潜力。

医疗机构在选择云端供应商时也要审慎考量，美国Children’s Mercy Hospital信息与数码长David Chou表示，由于云端系统处理了大部分设定与技术功能，习惯了过往电子医疗纪录架构的IT员工必须重新适应。

Downing并建议云端供应商提供其它医疗机构的案例作为参考，并清楚描述云端平台的设置方式与互动内容，让医疗人员不会在多个系统间登入又注销，她对云端供应商提供两家医疗机构截然不同的云端系统感到讶异，认为云端供应商应建立有相同点的系统。